大三巴牌坊是天主之母教堂(即圣保禄教堂)的前壁遗址。

    圣保禄教堂属圣保禄学院。天主教的耶稣会士早在1565 年已在圣安多尼堂侧建立起第一间会院，后又在大三巴山上修建新会院，并附设教堂和供讲授教理之用的学校。至1594 年，该学校升格为学院（当时的大学），成为远东地区最早的一所西式大学，这就是著名的圣保禄学院。

    与圣保禄学院毗连的圣保禄教堂，创建于1580 年，于1595 和1601年先后两次失火，教堂焚毁。1602年开始第三次重建，现在牌坊左侧还存有当时的奠基石。整个建筑工程直至1637-1640年间才完全竣工；目前所见的教堂前壁就是最后落成的部分。1835 年，一场大火烧毁了圣保禄学院及其附属的教堂，仅剩下教堂的正面前壁、大部份地基以及教堂前的石阶。自此之后，这里便成为世界闻名的圣保禄教堂遗址。

    教堂后部遗址于1837被用作埋葬教士的墓，至1854年为止。

    1990~1996年间，澳门政府对圣保禄教堂遗址进行考古、修复及再利用工程，由葡国建筑师负责策划和设计，多位考古学家、历史学家和博物馆学家参加工作，耗资二千多万元，经5年考古、勘察及营造，并建成一博物馆，于1996年10月间落成，大三巴牌坊因而得到完善的保存。

    大三巴牌坊的建筑由花岗石建成，宽23米，高25.5米，上下可分为五层，自第三层起往上逐步收分至顶部则是一底边宽为8.5 米之三角形山花，整个墙壁是巴洛克式，但一些设计或雕刻，却具有明显的东方色彩，如中文或象征日本传统的菊花圆形等图案，这座中西合壁的石壁在全世界的天主教堂中是独一无二的。

    牌坊第一层，即入口层，此一层共有三个入口并有十枝爱奥尼柱式支撑及装饰墙面，大门两侧各3 枝，侧门一边各2枝，小门门楣上有耶稣会简字IHS的浮雕图案，正门上则写有“MATER DEI”，说明此教堂是供奉圣母；第二层相应是第一层之延续，墙壁由十支科林斯柱式及三个窗口组成，窗楣上有均有7朵瑰花浮雕装饰，中间窗口侧两柱间以棕榄树装饰，侧窗洞两边柱间对称设有壁龛，供奉四个天主教圣人；第三层是装饰最丰富的一层，并开始收分，墙中央设有一深凹之拱形壁龛，供奉著圣母，两侧各有 3个天使浮雕，此一层中央共有六枝混合式壁柱，两侧以方尖柆代替壁柱，是下面两层柱体的延续，各柱间均以浅浮雕装饰，左边是智能之树及一只七翼龙，其上有一圣母，侧有中文“圣母踏龙头”字样，而右边对称位置上则是精神之泉及一只西式帆船，上有海星圣母。在柱组外边是一顶呈弧状之扶壁，右边是一骷髅及中文字 “念死者无为罪”；左边则是一魔鬼浮雕，中文则是“鬼是诱人为恶”，此层最外侧两块墙身是由两条带有圆顶之方尖柱，而墙侧则设有中国舞狮造型的开大口之狮子；作滴水之用，在第四层是一耶稣圣龛，两侧有耶稣受难之刑具浮雕，往外由四枝混合式壁柱组成，柱间以天使浅浮雕点缀，柱两边有弧形山墙。第五层是一三角形山花，中间有一铜鸽，顶部设有十字架。