朱熹晚年，他的学说被南宋朝廷视为“伪学”，受到迫害。他逝世后，随着政治上党禁的解除，朱子学说受到尊重。南宋宁宗嘉定二年（１２０９）十二月，即朱熹死后九年，朱熹被赐谥曰“文”，称朱文公。
    

    嘉定五年（１２１２），宁宗皇帝诏谕朱熹集理学之大成的代表作《四书集注》立于学宫，作为法定的教科书。淳祐元年（１２４１）正月，理宗皇帝诏朱熹《祀孔庙》。从此，朱熹受到封建王朝的顶礼崇拜。淳祐元年（１２４１），理宗又将朱熹《白鹿洞书院教规》，颁布天下学宫。该教规即成为御颁的国家教育指导方针。

    元代，朱子学由南向北传播，并逐步为“发迹漠北”的蒙古人所接受。皇庆二年（１３１３）六月，元仁宗下诏实行科举取士，以程、朱之书为科考法定经本，以朱注为官方解释。当时有“天下之学皆朱子之书”之说。至元元年（１３３５），元惠宗诏创立朱熹文庙于婺源。此为独创朱熹文庙之始，也是继孔子文庙之后独一无二的。朱子学说在元代成为官学，是理学自北宋以来的一个重大转折，其意义是不难想见的。

    明代，永乐十三年（１４１５），明成祖进一步推崇朱子学说，钦定编纂《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》三部书，并由成祖作序，颁行于全国。这三部理学“大全”也就成为思想统治的经典，不仅用于科试和学校，而且要“行之于家，用之于国”。

    清代，顺治皇帝颁发《科场条例》，沿袭明制，规定科举考试内容依旧采用程朱理学对儒家经典的诠释作为依据。康熙亲政，又一次称制临决，钦定朱学，谓“朱子注明经史……，皆明确而有据，而得中正之理，今五百余年，其一字一句，莫有论其可更正者。”康熙五十一年（１７１２）二月“诏宋儒朱子配享孔庙，在十哲之次”。这在中国文庙史上，汉后是独一无二的。次年 ，康熙又诏命李光地等编纂《朱子大全》；五十六年（１７１７），编纂《性理精义》，康熙亲自作序，颁行全国。直到清朝灭亡，朱学一直是处于绝对的统治地位。

    “五四”新文化运动，以“彻底地反对封建文化”为己任，将批判的矛头指向封建的礼教和理学。文化大革命，朱熹思想再次受到批判。十一届三中全会以后，我国对中华传统文化进行了反思，以实事求是的态度，对朱熹思想的历史地位重新进行评价。近十多年来，朱熹研究已经成为一种世界文化现象。 （张品端）