自1987年“妈祖千年祭”开启湄台民间交流的大门，吹响湄洲岛开发开放的号角之后，妈祖文化一直在湄洲岛的开发建设中扮演着重要角色。特别是国家旅游度假区成立以来，围绕弘扬妈祖文化，增进两岸交流交往的目标，莆田市和湄洲岛做了大量的工作。
    1992年10月4日，是妈祖羽化升天1005周年纪念日，莆田市隆重举行“妈祖”特种邮票首发式，邮票图案为屹立在祖庙山颠的妈祖石雕像。同日，中国湄洲妈祖文化基金会在湄洲岛成立，林文豪任会长。1993年4月14日，湄洲妈祖祖庙隆重举行妈祖诞辰1033周年纪念日。此后，每年的妈祖诞辰日和升天日，湄洲岛上都举行系列纪念朝拜活动，其中尤以四届妈祖文化旅游节最以为引人注目。
    1994年1月，国家旅游局推出“中国文物古迹游”，湄洲妈祖庙被列为10条旅游专线之首。鉴于湄洲岛在海内外的知名度不断提高，来岛游客日益增多，莆田市人民政府决定举办首届妈祖文化旅游节。5月7日，由福建省旅游局、莆田市人民政府和妈祖文化基金会联合举办的'94妈祖文化旅游节在湄洲岛隆重举行。来自新加坡、菲律宾、马来西亚、美国、英国、日本、韩国、台湾、香港、澳门等10多个国家和地区的来宾和妈祖信众近万人参加了节庆开幕式。开幕式上举行了“祖庙祭典”等民俗表演。节庆期间，湄洲岛共有16个项目举行开工、竣工剪采仪式。次日，岛上还举行经贸洽谈活动，共签合同、协议5项，总投资3300多万元人民币。
     '94妈祖文化旅游节的举办，在两岸关系发展上具有重要的影响。在此之前，祖国大陆刚刚发生“千岛湖事件”，台湾当局以此为借口，禁止台胞赴大陆探亲旅游。为此，有关部门透过祖庙董事会这个管道，动员了300多名台胞前往湄洲岛参加妈祖文化旅游节，从而打破了台湾当局的禁令，使台胞前往大陆逐渐升温，在旅游界中一时传为佳话。
    第一届妈祖文化旅游节是在湄洲岛第一次举办的大型节庆盛会，它的成功举办，对湄洲岛民俗风情旅游的发展，起到积极的推动作用。1995年3月，`95中国福建民俗风情游推出八条民俗风情线路，妈祖故乡风情线榜上有名。为丰富妈祖故乡风情游的内容，10月31日至11月2日，莆田市政协和湄洲岛管委会在湄洲岛举办了`95湄洲妈祖民俗风情旅游节暨工世美术书画展。次年5月，莆田市人民政府和中国华侨国际文化交流促进会、中国人物传记艺术委员会合力打造妈祖文化工程，全面开发妈祖文化产品，并在湄洲岛举行了妈祖文化工程揭碑仪式。
    在妈祖文化热潮的推动下，第二届妈祖文化旅游节应运而生。此届妈祖文化旅游节，不仅是福建省'97中国旅游年五大活动之一，而且被列入全国35个王牌旅游项目之一。1997年5月6日至8日，福建第二届妈祖文化旅游节暨首届旅游经贸洽谈会在湄洲岛举行，省领导游德馨、何少川、张家坤、苏昌培、黄文麟、李庆洲，香港星岛集团董事长胡仙博士，省旅游局、市五套班子领导，台港澳、欧美、东南亚等近20个国家和地区的来宾，以及海内外游客近2万人参加了节庆活动，其中台胞850人。节庆的主要内容有：妈祖回宫接驾仪式、开幕式、大型祭典、旅游经贸洽谈、莆田市名特优商品展销、祖庙新规划说明会、湄洲岛重点建设项目竣工开工剪彩、文艺演出。
    旅游经贸洽谈会成为第二届妈祖文化旅游节的一个亮点，共签订各类旅游项目71个，总投资47812万美元，利用外资32818万美元。其中，莆田市签约22个项目，总投资1.28亿美元；湄洲岛签订合同、协议5项，总投资7902万美元。
    以上情况说明，第二届妈祖文化旅游节，无论是规模、参加人数，还是活动的内容、效果，都较第一届妈祖文化旅游节有较大的突破，初步搭建了妈祖文化旅游节这一海内外妈祖信众共享欢乐的平台。
    1999年底，国家旅游局决定将2000年的旅游主题定为“神州世纪游”，并将妈祖文化旅游节列入“神州世纪游”的系列站点，极力向海外推介妈祖文化旅游节等旅游活动。此举使妈祖文化旅游节得到省委、省政府的高度重视。在市委、市政府和省旅游局的指导下，湄洲岛于1999年11月初即开始全面筹备第三届妈祖文化旅游节。筹备期间的主要工作，一是确立了“弘扬中华妈祖文化，密切海峡两岸亲情，促进旅游经济发展”的办节指导思想，拟定了科学的节庆方案；二是邀请澳门、天津、泉州的旅游机构参与联办妈祖文化旅游节，以及台湾数十家妈祖宫庙、国内十几家妈祖宫庙组团参加节庆活动；三是加强了新闻报道和广告宣传。精心筹备，为妈祖文化旅游节的成功举办奠定了基础。
    经过近半年的筹备，2000年4月29日，福建湄洲妈祖文化旅游节在湄洲岛隆重开幕。开幕式由省旅游局局长明敏主持，全国政协副主席张克辉宣布开幕，副省长汪毅夫致开幕词，市长陈少勇代表莆田市委、市政府致欢迎词。共有海内外800多名来宾200多名记者，以及3万多名游客和岛上群众参加了开幕式。开幕式进行了精彩纷呈的民俗表演，荟萃了天津踩高跷、莆田南少林武术、涵江威风锣鼓、泉州拍胸舞、仙游大鼓吹、湄洲岛千年祈福大典等妈祖文化和庙会精华。文化节期间，还进行了妈祖民俗游灯、泉州折子戏、《海颂》等民俗表演活动，邀请南京军区前线歌舞团演出大型舞蹈诗剧《妈祖》，节庆活动一直持续到5月6日。
    此外，节庆还安排了经贸签约活动，共签约项目12个，总投额达11543万美元，利用外资6231万美元。其中湄洲岛组织签约项目2个，总投资额253万美元。
    第三届妈祖文化旅游节，不仅提升了福建省、莆田市、湄洲岛在海内外的知名度，而且为闽台、闽澳、闽津的交流与合作开辟了一条新途径。归纳起来，节庆的成果和意义体现在以下五个方面：（一）弘扬了中华妈祖文化；（二）密切了海峡两岸亲情；（三）加快了国家旅游度假区的开发建设；（四）促进了福建省、莆田市、湄洲岛旅游业的发展；（五）探索了办节市场化运作的途径与方法。妈祖文化旅游节开始成为我省主要的旅游节庆活动，成为福建旅游业的一面旗帜。
    鉴于妈祖文化旅游节特色突出、影响广泛，且具有良好的经济、社会效益，省委、省政府要求定期举办妈祖文化旅游节，以充分利用妈祖文化资源，从更广领域、更深层次构建福建旅游和对外开放通道；运用妈祖文化做好台湾人民的工作，增进两岸交流交往。在这种情况下，莆田市人民政府和省旅游局决定每2年举办一次妈祖文化旅游节。
    2002年10月20日，福建莆田湄洲妈祖文化旅游节在湄洲岛隆重举行。本届妈祖文化旅游节历时3天，共进行妈祖文化交流协会筹备会议、民俗灯会、开幕式、天后新殿落成庆典、妈祖祭祀大典、“妈祖颂”广场文艺表演、鹅尾山生态景区落成庆典、妈祖文化园开园仪式、第七届国家旅游度假区联谊会等9项主要活动。全国侨联副主席唐闻生，总后勤部少将陈再炳，福建省委副书记黄瑞霖，福建省副省长汪毅夫，福建省政协副主席何少川、金能筹，省文明委副主任黄文麟, 原省老领导苏华、郑义正、许集美，以及莆田市领导叶家松、詹毅、林国良、翁毅彪等与海内外3000多名来宾、150多名记者及3万多名游客和岛上群众参加了节庆活动。
    与以往各届妈祖文化旅游节相比，2002年福建莆田湄洲妈祖文化旅游节向“具有全国水平的节庆活动”迈进了一大步，体现了专家型策划、主导型宣传、人文化创意、市场化筹资、开放式场景、组团式邀宾，成为两岸近年来最为盛大的交流活动，取得了丰硕的成果。一是进一步打响了妈祖文化品牌。新建成世界上最大的天后新殿，开发了场面壮观的“妈祖颂”表演，发起成立了妈祖文化交流协会筹委会。二是促进了两岸民间交流。有1万多名台胞参加了节庆前后的活动，在海峡两岸引起巨大的反响。三是带动了旅游业发展。湄洲岛旅游品牌日趋成熟，从单纯的朝拜旅游加快向朝拜、观光、休闲度假三位一体转变。