武夷精舍在武夷山的隐屏山下，是南宋理学家朱熹于淳熙十年（1183年）亲自擘划、营建的一所书院。这是武夷山的一大建筑，人称“武夷之巨观”。构筑武夷精舍的缘起应追溯到淳熙五年（1178年）。这一年初秋，朱熹与妹夫刘彦集、隐士刘甫共游武夷时，只见九曲溪旋绕曲折，隐屏峰下云气流动，顿觉耳目一新，因而萌发出“眷焉此家山”和“仙人久相招，授我黄素书，赠我双琼瑶，茅茨几时建，自此遣纷嚣”的建屋初念。经过数年的苦心筹措经营，精舍终于在淳熙十年（1183年）动工，当年就初见规模。按朱熹《武夷精舍杂咏诗》所记，其布局大致是这样的：在隐屏峰下，两麓相抱之中，有三间房屋，名为仁智堂。堂的左右，有两间卧室，左边是自己居住的，叫隐求室，右边是接待朋友的，叫止宿寮。左麓之外，有一处幽深的山坞，坞口累石为门，称石门坞。坞内别有一排房屋，作为学者的群居之所，名为观善斋。石门西边，又有一间房屋，以供道流居住，名为寒栖馆。观善斋前，还有两座亭子——晚对亭和铁笛亭。而在寒栖馆外，则绕着一圈篱笆，截断两麓之间之空隙，当中安着一扇柴门，挂上“武夷精舍”的横匾。精舍甫成。朱熹约集了建宁知府韩元吉和著名历史学家、建安（今福建建阳县）人袁枢等前来庆贺。韩元吉写了《武夷精舍记》。袁枢贺诗（清·董天工《武夷山志》卷十）曰：

本是山中人，归来山中友。
岂同荷蓧老，永结躬耕耦。
浮云忽出岫，肤寸弥九有。
此志未可量，见之千载后。

诗人陆游也驰函祝贺，并寄贺诗四首（宋·陆游《剑南诗稿。寄题朱元晦武夷精舍四首》），其中两首为：

先生结屋缘岩边，读易悬知屡绝编。
不用采芝惊世俗，恐人谤道是神仙。

山如嵩少三十六，水似邛郲九折途。
我老正须闲处看，白云一半肯分无。

精舍落成之后，朱熹怀着喜悦的心情，写了《精舍杂咏十二首》，并撰写诗序，以记其盛况。此后，他即在此广收门徒，著书讲学，长达五年之久，栽培了大量学生。朱熹的理学思想就传播开来，从而形成了一个有力量、有影响的学派。当时，一些著名的学者如蔡元定、刘爚、黄干、詹体仁、真德秀、李闳祖和叶味道等人，都曾就学于武夷精舍。之后，一批理学名家相继在武夷山中和九曲溪畔择地筑室，读书讲学，有的还以“继志传道”为己任。如刘爚的“云庄山房”、蔡沈的“南山书堂”、蔡沆的“咏雪堂”、徐几的“静可书堂”、熊禾的“洪源书堂”等先后出现在武夷。所以，武夷山在南宋时期已成为祖国东南的一座名山，后人称之为“道南理窟”。

朱熹逝世之后，武夷精舍备受封建统治者的重视，历代都曾加以修建。南宋末，经扩建后改为紫阳书院，由官府拨给公田，以供养学者。此后，直到明正统十三年（1448年），才改为朱文公祠，奉祀朱熹的神主，并以黄干、蔡元定、刘爚、真德秀配享祭祀。明正德十三年（1518年）巡按御史周鵷清、军御史及佥事肖乾元协力檄令县令王和重葺修，辟地百余丈，绕以围垣。前竖牌坊，匾上镌刻“武夷书院”。沿着牌坊稍进有楼五楹，名叫高明楼，正中大堂也有楼五楹，两庑各六间堂斋。全部构筑轩雅宏丽，并曾置田百亩作为祀事及修缮费之用，旁边又建屋数间，择朱子后裔一人世居管理。明万历年间，少司马陈省寓居武夷云窝时也曾修缮过武夷书院。这里有一段饶有兴味的佳话，说是当时书院倾颓，有士人题诗于壁云：“紫阳书院对清波，破壁残碑半女萝。颇爱隔邻亭榭胜，画栏朱拱是云窝。”影射紫阳书院远远不及陈省寓居之画栏朱拱的云窝。陈省见诗后，笑着说：“是其启我乎！”即解囊鸠匠将紫阳书院修缮一新[清·董天工《武夷山志》卷十]。

明崇祯末年（1644年），陈黄门履贞又捐资修缮。清顺治十六年（1659年），崇安县令韩士望又予以修饰。次年春，大风拔木，文公祠圯毁，仅存二门。清康熙二十六年（1687年）官方再度加以修建，由康熙皇帝赐予御笔“学达性天”匾额。康熙五十六年（1717年），闽浙总督觉罗满保捐俸重修。既立堂宇以祀朱子，复在堂后盖屋数椽，而以赵清献（北宋学者、崇安县第二任县令）、胡安国、刘子翚等附祀。建筑物至今已毁，仅留存两庑。原址现竖立有福建著名书法家沈觐寿撰并书的“武夷精舍遗址”六字及介绍文字的碑刻。