闽江、建溪、富屯溪呈“Y”字型，环系南平10个县（市、区）。逆建溪而上，贯通延平、建瓯、建阳、武夷山、浦城、松溪、政和7个县（市），河流总长635.6公里；顺昌富屯溪而下，流经光泽、邵武、顺昌、延平4个县（市、区），干流长249公里；两溪在延平汇合成闽江直泻福州。中华人民共和国成立初期，全市10个县（市）均可通航，通航里程为1115.5公里，曾有“千里航线万吨船，三千艄公万人桨”之称。1964年后，由于沿线兴办水利水电事业，在航道中筑坝拦水，加之公路、铁路等交通事业飞跃发展，水路逐渐萎缩。全市内河航道里程200多公里。主要航道有闽江，建溪航道，富屯溪航道，沙溪航道。主要通航有延平、建瓯、邵武3个县（市、区）。

    2002年，水路运输全市共完成水路客运量28万人，完成客运周转量675万人公里；完成货运量62万吨，完成货运周转量5097万吨公里。